Niederbayern liegt am Rande des Hauptverbreitungsgebiets des Fischotters in Tschechien und Österreich. Zuwandernde Tiere haben Ostbayern bereits durchgängig besiedelt. Die Wildland-Stiftung Bayern konnte zahlreiche Flächen an Bächen im Bayerischen Wald als Lebensraum für den Otter erwerben und optimieren.
In den Hangleitenwäldern bei Frauendorf schützt die Wildland-Stiftung Bayern seit 2015 unter anderem die seltenen Kalktuff-Quellen, Lebensräume von Feuersalamander und Gelbbauchunke.
Die Wildland-Stiftung Bayern setzt sich seit 1994 für den Erhalt von Feuchtwiesen bei Matzelsried ein, die inmitten intensiv genutzter Flächen für viele Tierarten wichtiger Lebensraum sind.
In den Lindenberger Mooren im Landkreis Lindau unterstützt die Wildland-Stiftung Bayern auf fast fünf Hektar Feuchtwiesen, Hoch- und Niedermooren die Wiederansiedlung seltener Orchideen und Tierarten wie der Bekassine.
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